办理VPN经营许可证的费用因地区和许可证类型而异。在中国，根据国家互联网信息办公室的规定，办理VPN经营许可证分为两类：一类是经营国内VPN服务，另一类是经营跨境VPN服务。

办理国内VPN服务许可证的费用主要包括以下几个方面：

1. 申请费：人民币500元;

2. 年度审核费：人民币1000元；（如办理五年许可证，则年度审核费为5000元）

3. 网络安全保障资金：根据企业规模和业务范围确定，一般为人民币1000-10000元。

4. 其他可能的费用：如聘请律师、审计师等协助办理许可证，费用另行计算。

办理跨境VPN服务许可证的费用相对较高，主要包括以下几个方面：

1. 申请费：人民币1000元；

2. 年度审核费：人民币2000元；（如办理五年许可证，则年度审核费为10000元）

3. 网络安全保障资金：根据企业规模和业务范围确定，一般为人民币10000-50000元。

4. 其他可能的费用：如聘请律师、审计师等协助办理许可证，费用另行计算。

需要注意的是，以上费用仅供参考，具体金额以各地相关部门的收费标准为准。此外，企业在办理VPN经营许可证过程中，还需确保满足相关技术、安全、法律等方面的要求。如有疑问，建议咨询专业律师或相关部门。