在陕西省，办理EDI许可证的主要部门是当地通信管理局。具体办理流程如下：
1. 首先，登录陕西省通信管理局官方网站，了解相关政策和办理指南。
2. 准备相关材料，包括企业营业执照副本、法定代表人身份证复印件、公司章程、域名注册证书等。
3. 填写《增值电信业务经营许可证申请表》，并加盖公司公章。
4. 将准备好的材料递交给陕西省通信管理局，等待审核。
5. 审核通过后，领取EDI许可证。
6. 按照规定，按时参加年检工作。
需要注意的是，办理EDI许可证过程中，务必确保材料真实、齐全，以免影响办理进度。如有疑问，可咨询陕西省通信管理局相关部门。
