山东EDI许可证，全称为“电子商务经营许可证”，是在我国国家市场监管总局指导下，由各省、自治区、直辖市市场监管部门负责办理的。那么，山东EDI许可证在哪个部门办理呢？

办理山东EDI许可证的部门是山东省市场监管部门。具体来说，申请人需要向所在地县级以上市场监管部门提交申请材料，经过审核批准后，方可获得EDI许可证。

在办理山东EDI许可证过程中，申请人需要准备以下材料：营业执照副本、公司章程、法定代表人身份证复印件、网站域名注册证书、服务器托管协议、网络安全评估报告等。此外，还需提交与业务相关的其他材料，具体要求可能因地区而异，请务必咨询当地市场监管部门。

值得注意的是，根据《中华人民共和国电信条例》和《互联网信息服务管理办法》等相关法规，经营性网站必须办理EDI许可证。未办理许可证的网站将面临罚款、责令改正等处罚措施。因此，从事电子商务经营活动的企业，务必按照规定办理山东EDI许可证。

总之，山东EDI许可证在所在地县级以上市场监管部门办理。申请人需准备相关材料，并按照规定提交申请。只有获得EDI许可证，才能合法开展电子商务经营活动。如有疑问，请咨询当地市场监管部门或专业律师。